Сфера научных интересов – коммуникативная грамматика русского языка, лингвистический анализ текста, история русской филологической науки, стилистика и культура речи, Интернет-лингвистика. 

Окончила филологический факультет МГУ в 1990 году. Научный руководитель дипломной работы и кандидатской диссертации - проф. д. ф. н. Г.А. Золотова. Тема дипломной работы - «Функционально-семантические свойства предикатов на -о». Тема кандидатской диссертации - "Функционально-семантическая классификация имён прилагательных в современном русском языке". Тема докторской диссертации, защищенной в 2001 году, - «Грамматическое единство художественного текста».

В «Коммуникативной грамматике русского языка» (Г.А. Золотова, Н.К. Онипенко, М.Ю. Сидорова, 1998) М.Ю. Сидоровой написана глава об имени прилагательном и раздел о типах номинации события в репродуктивном тексте. В 2000 году вышла монография «Грамматика художественного текста», в которой теория коммуникативной грамматики разрабатывается применительно к художественной литературе и устанавливается соотношение между исследовательским аппаратом лингвистики и литературоведения.

М.Ю. Сидорова – автор пособий «Современный русский язык. Морфология» и «Современный русский язык. Синтаксис» (УРАО, 1998) сборника упражнений к «Коммуникативной грамматике русского языка» (МГУ, 2002), автор программ университетских курсов «Основы стилистики и культуры речи» (УРАО, 2001), "Русский язык как общеобразовательная дисциплина" (УРАО, 2002), "Грамматические категории имени и глагола в тексте" (УРАО, 2004), соавтор программ университетских курсов «Синтаксис русского языка» (в соавторстве с Г.А. Золотовой, Н.К. Онипенко), «Русский язык и культура речи для нефилологов» (в соавторстве с О.Н. Григорьевой, О.В. Кукушкиной, Е.И. Литневской).

В 2006 году вышли из печати монографии «Интернет-лингвистика: вымышленные языки», в которой М.Ю. Сидорова и О.Н. Шувалова рассматривают деятельность конлангеров (изобретателей вымышленных языков) в Интернете с точки зрения профессиональных лингвистов, и «Интернет-лингвистика. Русский язык: межличностное общение», посвященная коммуникативной и языковой специфике Интернет-дневников, форумов и других форм межличностной виртуальной коммуникации.

М.Ю. Сидорова ведёт практические занятия по морфологии и синтаксису современного русского литературного языка, по курсу «Грамматика и текст» на филологическом факультете. Работает по программам «Русский язык и культура речи для нефилологов» и «Речевая коммуникация» на других факультетах МГУ. Сотрудничает с Национальной лигой переводчиков, Школой риторики проф. В.И. Аннушкина, программами повышения квалификации преподавателей русского языка и культуры речи, проводимыми РОПРЯЛ.

За годы работы на факультете прочитаны спецкурсы «Из истории русской грамматической мысли», «Модели восприятия и языковые модели», «Грамматический анализ художественного текста», "Теория и практика культуры русской речи", "Русист в современной коммуникации".