Лайнер был назван именем человека, обретшего в те годы статус выдающегося идейного борца. Вильгельм Густлофф являлся лидером национал-социалистической партии Швейцарии и был убит в 1936. Его имя было выбрано для самого большого лайнера KdF, его вдова напутствовала судно при спуске на воду. «Густлофф» стал флагманом флота KdF, имевшего в своем составе множество больших и малых судов, многие из которых в течение Второй мировой войны разделили судьбу своего флагмана. За почти два последующих после спуска на воду года, «Вильгельм Густлофф» успел побывать в круизах в Атлантическом океане, а также в Средиземном и Северном морях. Пришлось сыграть ему и необычную роль. В мае 1939, за четыре месяца до начала войны, «Густлофф», вместе с пятью другими судами - «Роберт Ляй», «Дойче», «Штуттгарт», «Сиерра Кордоба» и «Оцеана», - принял участие в транспортировке назад в Германию Легиона «Кондор» из Испании. Эти люди вернулись домой после успешного поражения республиканских сил от националистов Франко. «Густлофф», наряду с другими судами транспортного флота, прибыл в Виго (Испания) 24 мая 1939 и разгрузил большое количество медикаментов и других грузов, направленных Социальной организацией помощи Испании. 26 мая члены Легиона были погружены на суда в гавани Виго. 

«Густлофф» взял на борт 1405 человек. 30 мая 1939 суда прибыли в германские воды и были сопровождены в порт Хамбург кортежем судов, включая яхту «Хамбург» и броненосцы «Адмирал граф Шпее» и «Адмирал Шеер». 22 сентября 1939, вскоре после того, как вспыхнула Вторая мировая война, «Вильгельм Густлофф» был официально мобилизован в состав Военно-морского флота для использования в качестве плавучего госпиталя. Он классифицировался как судно-лазарет класса D (Lazaretschiff D). Плавучие госпитали Германии, как и многих других стран, предназначались для больных и раненых, состояли на строгом учете и были защищены определенным набором международных договоров. В зависимости от области их использования, требовалось, чтобы они были полностью окрашены в белый цвет и имели зеленую полосу по всей длине судна и знаки Красного Креста на палубе, стеках и бортах. Несение ими любого наступательного или оборонительного оружия было запрещено. В этой роли «Густлофф» и вошел во Вторую мировую войну. Впервые как госпитальное судно «Густлофф» был использован в Данцигской бухте в конце польской кампании. Первыми ранеными, взятыми на борт судна, были 685 солдат побежденной польской армии.

«Густлофф» продолжал служить в районе Данцигского залива еще в течение многих последующих недель, принимая позже участие в спасательных операциях для тысяч балтийских немцев из стран Балтии, недавно оккупированных советами, переправляя их в саму Германию или в области, контролируемые Германией. В этих операциях «Густлофф» участвовал среди множества других прежних судов KdF, таких как «Штуттгарт», «Дойче», «Роберт Ляй» и «Оцеана». С мая 1940 до июля того же года «Густлофф» находился в Норвегии в порту Осло в качестве плавучего госпиталя для больных и раненых в норвежскую компанию. 2 июля 1940 «Густлофф» покинул Норвегию и направился в Штеттин с 563 ранеными на борту. В течение последующего времени «Вильгельм Густлофф» был вовлечен в подготовку запланированного вторжения в Англию, которое в конечном итоге было отменено в конце лета 1940. 20 октября 1940 «Густлофф» вновь пришел в Осло, взяв там на борт 414 раненных для их транспортировки в Швинемюнде. Вскоре после этого рейса «Густлофф» закончил службу в статусе плавучего лазарета и был переведен в Готтенхафен в качестве жилого судна для подразделения подводников Кригсмарине. С 22 сентября 1939 по 20 ноября 1940 «Вильгельм Густлофф» принял на борт 3151 раненого и больного и за четыре рейса 1961 раненого эвакуировал в Германию.