Восточная Пруссия состояла из разнообразных фортов, которые появились уже в эпоху нарезной артиллерии, совершенствовались, усиливались бетоном и даже обычные, жилые дома в фольварках, отдельных деревнях строились из камня. Причём, ещё с ХIХ века стены домов, обращённые в сторону границы с Россией, были толще остальных и окна в них предусматривались в качестве бойниц.

Георгий Жуков на 1-м Белорусском очень хорошо подготовился к немецкому отскоку назад (во время Висло-Одерской операции). В противоположность этому, на 3-м Белорусском фронте, которым командовал Иван Черняховский, такой подготовки не было. Более того, немецкий генерал Раус, который командовал 3-й танковой армией и имел опыт подобных боёв под Львовом, в ночь на 13 января 1945 года отвел свои войска из первой траншеи, оставив там только боевое охранение. В результате мощный артиллерийский обстрел немецких позиций с советской стороны пришелся по пустому месту.

Общей проблемой советского наступления в январе 1945-го была плохая погода, не позволявшая в полную силу задействовать авиацию для ударов как по переднему краю противника, так и по его отходящим колоннам, как это успешно практиковалось в ходе операции «Багратион» в Белоруссии летом 1944-го. В итоге наступление шло медленно и отставало от плановых темпов.

18 февраля погиб генерал Черняховский, вместо него был назначен целый начальник Генерального штаба маршал Александр Василевский, которого Сталин к тому же, включил в состав Ставки Верховного главнокомандования. Василевский, прибыв на место 20 февраля, сказал, что так дело дальше не пойдёт, давайте серьезно готовиться к новой операции — после подвоза снарядов и углубленной проработки.

2-й Белорусский фронт под командованием Константина Рокоссовского выполнял весьма своеобразную задачу — он действовал по расходящимся направлениям. С одной стороны, он должен был воздействовать на Восточную Пруссию, с другой стороны, на Восточную Померанию. То есть, помогать и 3-му Белорусскому и 1-му Белорусскому фронтам. Прорыв немецкой обороны у Рокоссовского тоже шёл довольно тяжело — 5-я гвардейская танковая армия Вольского была введена в прорыв только на пятый день операции.

К штурму Кёнигсберга серьёзно готовились, подтянув туда тяжелую артиллерию. В частности, форты крушили 305-мм пушками образца 1915 года, поддерживая наступающую 11-ю гвардейскую армию генерала Галицкого. Сотни тяжелых снарядов по 300 кг каждый, медленно, но верно крушили мощные немецкие форты. Когда улучшилась погода, в дело вступила дальнебомбардировочная авиация генерала Голованова, которая не опасаясь противодействия противника, довершила артиллерийский обстрел. Всё это оказало мощное моральное воздействие на немцев, которые сдались на четвертый день штурма.